청크 옵션 이해하기

knitr R 코드 청크의 옵션을 활용하는 방법을 익힙니다.

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Affiliation

유충현

한화생명

Published

Nov. 4, 2021

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RStudio의 R 마크다운은 기본적으로 knitr 코드 청크를 사용합니다.
청크 옵션을 아는만큼 문서의 품질이 향상됩니다. 대표적인 청크 옵션을 사용하는 방법을 익혀서 여러분의 문서에 날개를 달아주기 바랍니다.

R 마크다운 문서의 이해

R 마크다운 문서의 분해

앞서 만들었던 첫 R 마크다운 문서를 분해하면 다음과 같습니다.

R 마크다운 문서의 분해

튜토리얼의 범위

이 튜토리얼은 R 마크다운 문서의 분해 중에서의 knitr의 R 코드 청크 옵션을 이해할 목적으로 진행합니다. 대표적인 청크 옵션을 이해하고, 다루지 않는 다른 옵션의 사용을 시도할 수 있는 자신감 함양을 유도합니다.

knitr의 R 코드 청크

청크의 구조 이해하기

우리는 지금 R 코드 청크를 다루고 있습니다. 그런데 knitr은 bash sehll(리눅스 쉘 스크립트), python(파이썬) 코드 청크 외에 몇개의 코드 청크를 지원합니다.

예를 들어 R 마크다운에서 리눅스 쉘 스크립트 청크를 사용하려면 다음과 같이 기술합니다. 이것은 리눅스에서 날짜를 조회하는 명령어date를 수행한 후 그 결과를 마크다운 문서에 삽입합니다.

```{bash}
# 날짜와 일시 출력
date

# 'YYYY-MM-DD' 포맷의 날짜 출력
date +'%Y-%m-%d'
```
# 날짜와 일시 출력
date

# 'YYYY-MM-DD' 포맷의 날짜 출력
date +'%Y-%m-%d'
## Sat Nov 13 10:54:30 KST 2021
## 2021-11-13

브레이스({) 뒤에 오는 ’bash’는 bash 쉘이 코드 청크를 실행하라는 의미입니다. 그러면, R에게 실행을 요청하기 위한 청크는 다음과 같이 사용합니다. 당연히 브레이스 뒤에 ’r’이 따라옵니다.

```{r 청크이름, 옵션이름=옵션값, 옵션이름=옵션값, ...}
R 코드 삽입 영역
```


knitr의 R 코드 청크 옵션

knitr 홈페이지의 https://yihui.org/knitr/options/ 페이지에는 청크 옵션에 대해서 잘 설명되어 있습니다.

다음은 대표적인 청크 옵션의 목록입니다. 이 옵션들은 반드시 숙지하시기 바랍니다.

코드와 결과 출력 관련 청크 옵션

튜토리얼에서 익혀야 할 출력 관련 대표적인 청크 옵션입니다.

R 코드와 결과 출력 관련 청크 옵션 목록
옵션 기본값 기능
eval TRUE 청크를 실행하고, 그 결과를 삽입하는 여부 설정
echo TRUE 실행한 명령어도 함께 출력하는지의 여부 설정
warning TRUE 경고 메시지의 출력 여부 설정
error FALSE 에러 메시지의 출력 여부 설정
message TRUE 경고, 에러 외의 메시지의 출력 여부 설정
tidy FALSE R 코드를 깔끔하게 정돈해서 출력할지의 여부 설정
comment “##” 실행 결과 출력 각 라인의 앞에 넣을 prefix

시각화 관련 청크 옵션

튜토리얼에서 익혀야 할 시각화 관련 대표적인 청크 옵션입니다.

R 코드와 결과 시각화 관련 청크 옵션 목록
옵션 기본값 기능
fig.width 7 출력을 위해 생성할 이미지 파일의 너비, 단위: 인치.
fig.height 7 출력을 위해 생성할 이미지 파일의 높이, 단위: 인치.
fig.align “default” 플롯의 정렬 방법. "left", "right", "center"에서 선택
fig.path ‘figure/’ 시각화 이미지 파일을 저장할 디렉토리 경로
fig.cap NULL 플롯의 캡션 문자 정의
out.width 시각화가 화면에 출력되는 너비, 예) “75%”, “300px”

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1. R 코드 출력 제어하기

1.1. R 코드와 함께 결과 출력하기

  1. 다음 지문을 수행할, 분석 경험을 위해 코드와 결과를 공유할 청크를 만들려고 합니다.
    • iris 데이터에서 중복인 데이터가 1건 있습니다. 추출하여 출력해 보세요.
    • R 코드와 결과를 함께 출력해 보세요.
    • 청크 이름은 ’dup_iris’로 정의합니다.
  2. ’understand_chunk.Rmd’의 1-1. 빈 영역을 채우고 실행해 봅니다.
    • 모범 답안을 보지 않고 만들어 보세요.

여러 방법이 있는데, 다음 코드를 사용해 보세요.

iris[duplicated(iris), ]
```{r dup_iris}
iris[duplicated(iris), ]
```
iris[duplicated(iris), ]
##     Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width   Species
## 143          5.8         2.7          5.1         1.9 virginica


1.2. 결과만 출력하기

  1. 다음 지문을 수행할, 분석 결과만 공유할 청크를 만들려고 합니다.
    • summary() 함수로 iris 데이터의 각 변수들을 요약해 보세요.
    • 결과만 출력해 보세요.
    • 청크 이름은 ’dup_iris_result’로 정의합니다.
  2. ’understand_chunk.Rmd’의 1-2. 빈 영역을 채우고 실행해 봅니다.
    • 모범 답안을 보지 않고 만들어 보세요.

다음 코드를 사용해 보세요.

summary(iris)
```{r dup_iris_result, echo=FALSE}
summary(iris)
```
##   Sepal.Length    Sepal.Width     Petal.Length    Petal.Width   
##  Min.   :4.300   Min.   :2.000   Min.   :1.000   Min.   :0.100  
##  1st Qu.:5.100   1st Qu.:2.800   1st Qu.:1.600   1st Qu.:0.300  
##  Median :5.800   Median :3.000   Median :4.350   Median :1.300  
##  Mean   :5.843   Mean   :3.057   Mean   :3.758   Mean   :1.199  
##  3rd Qu.:6.400   3rd Qu.:3.300   3rd Qu.:5.100   3rd Qu.:1.800  
##  Max.   :7.900   Max.   :4.400   Max.   :6.900   Max.   :2.500  
##        Species  
##  setosa    :50  
##  versicolor:50  
##  virginica :50  
##                 
##                 
## 


1.3. 소스 코드만 출력하기

  1. 소스만 설명하려 합니다. 즉, 소스를 실행하지 않고, 출력만 해야 합니다.
    • summary() 함수로 iris 데이터의 각 변수들을 요약하는 소스를 출력하세요.
    • 청크 이름은 ’iris_not_run’으로 정의합니다.
  2. ’understand_chunk.Rmd’의 1-3. 빈 영역을 채우고 실행해 봅니다.
    • 모범 답안을 보지 않고 만들어 보세요.

다음 코드를 사용해 보세요.

summary(iris)
```{r iris_not_run, echo=TRUE, eval=FALSE}
summary(iris)
```
summary(iris)


1.4. 경고 메시지 출력하기

  1. 다음을 수행해 보세요.
    • -2부터 2까지의 정수 5개의 로그 값을 계산해 보세요.
    • 청크 이름은 ’log_integer’로 정의합니다.
  2. ’understand_chunk.Rmd’의 1-4. 빈 영역을 채우고 실행해 봅니다.
    • 모범 답안을 보지 않고 만들어 보세요.
  3. 어떤 결과가 출력되었나요?
    • 음수일 경우에 발생하는 경고 메시가 출력됨을 확인하세요.

다음 코드를 사용해 보세요.

log(-3:3)
```{r log_integer}
log(-3:3)
```
log(-3:3)
## Warning in log(-3:3): NaNs produced
## [1]       NaN       NaN       NaN      -Inf 0.0000000 0.6931472
## [7] 1.0986123


1.5. 경고 메시지 출력하지 않기

  1. 다음을 수행할 때 경고 메시지가 출력되는 것을 이미 알고 있습니다.
    • -2부터 2까지의 정수 5개의 로그 값을 계산해 보세요.
    • 경고 메시지를 출력하고 싶지 않습니다.
    • 청크 이름은 ’no_warning’로 정의합니다.
  2. ’understand_chunk.Rmd’의 1-5. 빈 영역을 채우고 실행해 봅니다.
    • 모범 답안을 보지 않고 만들어 보세요.

다음 코드를 사용해 보세요.

log(-3:3)
```{r no_warning, warning=FALSE}
log(-3:3)
```
log(-3:3)
## [1]       NaN       NaN       NaN      -Inf 0.0000000 0.6931472
## [7] 1.0986123


1.6. 커맨트 변경하기

  1. 앞의 튜토리얼 결과를 보면, 출련된 각 라인에 “##”가 앞에 출력되었습니다.
    • lm(Sepal.Width ~ Sepal.Length, data = iris)를 실행하세요.
    • “##”가 보기 싫습니다. 차라리 출력되지 않았으면 좋겠습니다.
    • 청크 이름은 ’change_comment’로 정의합니다.
  2. ’understand_chunk.Rmd’의 1-6. 빈 영역을 채우고 실행해 봅니다.
    • 모범 답안을 보지 않고 만들어 보세요.

comment 옵션을 사용합니다.

```{r change_comment, comment=""}
lm(Sepal.Width ~ Sepal.Length, data = iris)
```
lm(Sepal.Width ~ Sepal.Length, data = iris)

Call:
lm(formula = Sepal.Width ~ Sepal.Length, data = iris)

Coefficients:
 (Intercept)  Sepal.Length  
     3.41895      -0.06188  


2. 플롯 출력하기

2.1. R 코드와 함께 플롯 출력하기

  1. 다음 지문을 수행할, 분석 경험을 위해 코드와 결과를 공유할 청크를 만들려고 합니다.
    • iris 데이터에서 Sepal.Width ~ Sepal.Length 관계를 산점도로 시각화 하세요.
      • Species별로 도형의 모양과 색상을 달리 그리세요.
      • loess 산점도 위에 추세선도 출력하세요..
    • R 코드와 결과를 함께 출력해 보세요.
    • 청크 이름은 ’scatter’로 정의합니다.
  2. ’understand_chunk.Rmd’의 2-1. 빈 영역을 채우고 실행해 봅니다.
    • 모범 답안을 보지 않고 만들어 보세요.

여러 방법이 있는데, 다음 코드를 사용해 보세요.


library(ggplot2)

ggplot(data = iris, aes(x = Sepal.Length, y = Sepal.Width, 
                        color = Species, shape = Species)) +
  geom_point() +
  geom_smooth()
```{r scatter}
library(ggplot2)

ggplot(data = iris, aes(x = Sepal.Length, y = Sepal.Width, 
                        color = Species, shape = Species)) +
  geom_point() +
  geom_smooth()
```
## Warning: replacing previous import 'lifecycle::last_warnings' by
## 'rlang::last_warnings' when loading 'tibble'
## Warning: replacing previous import 'lifecycle::last_warnings' by
## 'rlang::last_warnings' when loading 'pillar'
ggplot(data = iris, aes(x = Sepal.Length, y = Sepal.Width, 
                        color = Species, shape = Species)) +
  geom_point() +
  geom_smooth()
## `geom_smooth()` using method = 'loess' and formula 'y ~ x'


2.2. 플롯만 출력하기

  1. 2.1. 결과에서 R 소스와 메시지의 출력 없이 플롯만 출력하려 합니다.
    • 청크 이름은 ’plot_only’로 정의합니다.
  2. ’understand_chunk.Rmd’의 2-2. 빈 영역을 채우고 실행해 봅니다.
    • 모범 답안을 보지 않고 만들어 보세요.

여러 방법이 있는데, 다음 코드를 사용해 보세요.


ggplot(data = iris, aes(x = Sepal.Length, y = Sepal.Width, 
                        color = Species, shape = Species)) +
  geom_point() +
  geom_smooth()
```{r plot_only, echo=FALSE, message=FALSE}
ggplot(data = iris, aes(x = Sepal.Length, y = Sepal.Width, 
                        color = Species, shape = Species)) +
  geom_point() +
  geom_smooth()
```


2.3. 플롯 정렬하기

  1. 2.2. 결과에서 플롯을 화면의 가운데 정렬로 출력하려 합니다.
    • 청크 이름은 ’plot_center’로 정의합니다.
  2. ’understand_chunk.Rmd’의 2-3. 빈 영역을 채우고 실행해 봅니다.
    • 모범 답안을 보지 않고 만들어 보세요.

fig.align 인수를 사용합니다.

```{r plot_center, echo=FALSE, message=FALSE, fig.align="center"}
ggplot(data = iris, aes(x = Sepal.Length, y = Sepal.Width, 
                        color = Species, shape = Species)) +
  geom_point() +
  geom_smooth()
```


2.4. 플롯 화면출력 크기 조절하기

  1. 2.3. 결과에서 플롯을 화면의 영역의 1/2 사이즈로 출력하려 합니다.
    • 청크 이름은 ’plot_half_width’로 정의합니다.
  2. ’understand_chunk.Rmd’의 2-4. 빈 영역을 채우고 실행해 봅니다.
    • 모범 답안을 보지 않고 만들어 보세요.

out.width 인수를 사용합니다.

```{r plot_half_width, echo=FALSE, message=FALSE, fig.align="center", out.width="50%"}
ggplot(data = iris, aes(x = Sepal.Length, y = Sepal.Width, 
                        color = Species, shape = Species)) +
  geom_point() +
  geom_smooth()
```


2.5. 플롯 출력에 캡션 넣기

  1. 2.3. 결과에 캡션을 출력하려 합니다.
    • “iris 품종별 산점도”라는 캡션을 추가합니다.
    • 청크 이름은 ’plot_caption’으로 정의합니다.
  2. ’understand_chunk.Rmd’의 2-5. 빈 영역을 채우고 실행해 봅니다.
    • 모범 답안을 보지 않고 만들어 보세요.

fig.cap 인수를 사용합니다.

```{r plot_caption, echo=FALSE, message=FALSE, fig.align="center", fig.cap="iris 품종별 산점도"}
ggplot(data = iris, aes(x = Sepal.Length, y = Sepal.Width, 
                        color = Species, shape = Species)) +
  geom_point() +
  geom_smooth()
```
iris 품종별 산점도

(#fig:plot_caption)iris 품종별 산점도


요약

핸즈온 요약

I can do it

Footnotes